O Gabinete de Gestão de Colecções assegura a correcta salvaguarda das colecções do museu, sendo responsável pela gestão, conservação, inventariação e estudo das peças, bem como pela gestão da biblioteca do Museu. Compete-lhe ainda colaborar na preparação de exposições e edição de instrumentos de trabalho necessários ao museu. Este Gabinete é também responsável por apoiar e colaborar na salvaguarda, estudo e divulgação do património cultural móvel religioso pertencente a particulares, à Igreja ou a outras instituições.
